Program MPPDAS dilaksanakan dalam sistem blok dengan 40 sks materi perkuliahan yang didesain dalam 3 semester (18 bulan). Semester pertama dan kedua merupakan masa pendidikan di kampus, meliputi kegiatan perkuliahan, praktikum, diskusi kelompok, kerja lapangan, dan ujian. Pada semester ketiga, mahasiswa melaksanakan penelitian dan penyusunan tesis didampingi oleh supervisor dengan keahlian terkait tema penelitian.